司法鑑定科學研究院創建於1951年，前身是1932年成立的司法行政部法醫研究所。新中國成立後，曾分別隸屬於華東軍政委員會司法部、最高人民法院華東分院、司法部、公安部，1960年因故撤銷。1983年經國家科委批准正式復建司法部司法鑑定科學技術研究所。2017年10月14日，經中央機構編制委員會辦公室批准更名為司法鑑定科學研究院，是司法部直屬的司局級科研事業單位。

司法鑑定科學研究院執行中央編辦、司法部賦予的承擔「司法鑑定領域的基礎研究、應用研究和高新技術研究；全國重大疑難案件的司法鑑定和技術指導；司法鑑定高端人才的培養培訓；國內外學術交流等工作」職能。目前有職工224人，其中黨員106人，技術人員占78%，高級技術人員占技術人員總數的60%。儀器裝備已達到國際先進水平。

研究院設有法醫病理學、法醫臨床學、法醫精神病學、法醫物證學、法醫毒物化學、微量物證學、文件鑑定學、聲像鑑定學、痕跡鑑定學、電子數據鑑定、道路交通事故技術鑑定、環境損害司法鑑定、司法鑑定制度與法規等專業。辦有中文核心期刊《中國司法鑑定》和《法醫學雜誌》，英文期刊Forensic Sciences Research。

科學研究是研究院的基礎工作。承擔國家科技部、國家自然科學基金委、司法部和上海市科委的科技攻關項目，在系統毒物分析、毛髮中毒藥物鑑定、有毒動植物鑑定、死亡原因鑑定、傷病關係鑑定、道路交通事故綜合鑑定、男性性功能鑑定、聽覺視覺功能鑑定、複雜親緣關係鑑定、文件材料鑑定、聲紋鑑定、法醫精神病鑑定、司法鑑定管理制度研究等方面處於國內領先地位。

司法鑑定是研究院的主要職能工作。作為司法鑑定的「國家隊」，主要承擔全國各地公、檢、法等機構送檢的重大、疑難、複雜、敏感、涉外案件的司法鑑定。同時接受企事業單位、社會團體和個人的委託，對交通事故、民事糾紛、仲裁等活動中所涉及的專門性問題進行技術檢驗和技術鑑定。現年承擔刑事、民事和行政等各類案件的司法鑑定近3萬例，在維護國家安全、公民合法權益以及糾正冤假錯案、化解糾紛衝突、維護社會穩定和保障司法公正等方面發揮了重要作用。

教育培訓是研究院的基本任務。作為全國司法鑑定人繼續教育基地與復旦大學、蘇州大學、華東政法大學、南方醫科大學、四川大學、溫州醫科大學、中國刑事警察學院、上海工程技術大學、南京醫科大學、山西醫科大學、內蒙古民族大學、中國藥科大學、上海政法學院、上海公安學院聯合培養司法鑑定本科、碩士、博士研究生，促進了我國司法鑑定行業的隊伍建設和人才儲備。

技術指導是研究院的重要職能。作為行業主管部門依託的技術平台，承擔司法鑑定領域國家標準和行業技術規範的研製，積極推進司法鑑定技術創新和標準體系建設。自2005年以來，經國家認可委和司法部授權，組織開展年度司法鑑定行業能力驗證活動，實施鑑定質量評估，為政府監管提供技術支持，推進鑑定機構的規範化發展。

研究院也是我國司法鑑定領域對外交流與合作的重要平台。根據對應對等原則，多次受命代表中國司法鑑定行業出訪美國、英國、荷蘭、俄羅斯、烏茲別克斯坦、澳大利亞、德國、南非、韓國、瑞士、比利時、日本等國以及港、澳、台地區，並與上述國家（地區）的司法鑑定官方機構建立了合作關係，創辦了兩年一屆的「司法鑑定理論與實踐研討會」。