上海中醫藥大學附屬曙光醫院是滬上一所百年老院、三級甲等綜合性中醫院、省部共建研究型中醫院。醫院擁有東西二院，核定床位1200張，開放床位1320張。

醫院中醫特色顯著，優勢突出，現擁有國家教育部主要學科3個：中醫骨傷科學、中醫內科學、中藥學（中藥製劑、中藥臨床藥理）。國家中醫藥管理局重點學科9個，衛健委臨床重點專科6個，中管局重點專科14個。中醫急診科是國家中醫藥管理局急診基地，製劑室是全國中藥製劑和劑改基地，神經內科是衛健委腦卒中防治基地。

醫院開設的專病專科各具特色，獨樹一幟，享譽全國。近年來，醫院堅持加強中醫內涵建設，切實做好名老中醫藥專家學術思想傳承工作，建立了2個全國名中醫傳承工作室，9個全國名老中醫藥專家傳承工作室，22個上海市名老中醫藥學術經驗傳承工作室。

醫院擁有多個重症監護室，醫療設施優良，內外婦兒科室設置齊全，2012年成立中西醫結合生殖醫學中心，2014年恢復產科，已具備了較強的綜合救治能力，成為上海市公共衛生防治體系六個重點單位之一、浦東地區三個急救中心之一。國家中醫藥管理局中醫醫院醫療質量監測中心和上海市中醫醫療質量控制中心也設在院內。

醫院以建設研究型醫院為目標，現有校級研究所5個、院級研究所9個，中醫藥科研三級實驗室5個。成立了國家教育部重點實驗室――肝腎病證省部共建實驗室。具備國際標準的I期藥物臨床試驗病房，完成了中國首例接受世界衛生組織委託的臨床實驗項目。每年獲立項的科研經費約1.5億元左右。

作為全國中醫院校中較早成立的臨床醫學院之一、世界衛生組織傳統醫學合作中心的臨床基地、上海市住院醫師規範化培訓基地，曙光臨床醫學院現有教研室18個，博士研究生培養點7個，碩士研究生培養點12個，博士後流動站3個，博士生導師48名，碩士生導師189名。每年承擔1000人次以上的各類學生的臨床帶教工作。

2008年曙光醫院被批准成為「國家中醫藥管理局國際交流合作基地」。隨後，醫院又接連承擔了ISO TC/249秘書工作以及WHO ICD 11工作。