雖然區域品牌連鎖的優勢眾多，但和其他商業組織一樣，區域品牌連鎖經營不可避免地面臨各種經營風險。

    1.連鎖體系的整體性風險。區域品牌連鎖企業的劣勢隱藏在它的優勢中，這就是連鎖體系的整體性風險。即使是世界超級連鎖品牌，也難以避免和防範這種整體性風險。從2003年亞洲爆發大規模禽流感以來，以雞為主打食品的肯德基亞洲連鎖體系遭遇了打擊，據悉，年營業額下降高達20%。2005年，肯德基又遇到了「蘇丹紅1號」危機，一個小小佐料中的隱患卻讓一個龐大的快餐連鎖王國遭遇了短時間的重創。

    2.總部對連鎖體系的管控風險。整個連鎖體系是原創店的複製和放大、是總部管理能力的放大和輸出。如果原創店和總部做不好，整個連鎖體系中的絕大部分店面也做不好；如果原創店做得好，不一定整個連鎖體系中的每一家店面也能做得好。

    3.市場需求變化帶來的風險。市場變化莫測，消費者的需求呈現多層次、多樣化的趨勢，連鎖經營者面對的是不確定因素的增加和更加激烈的市場競爭。連鎖企業是賣產品或者賣服務的，當市場上不再需求某一類產品或者某一類服務時，連鎖企業能否儘早感知市場需求的變化，以變化來應對變化，從而保證連鎖網絡的有效性。