首先，微生物肥料比化學肥料更具有生態優勢

微生物肥料與化學肥料相比，生產時所消耗的能源少得多，既降低了生產成本，又減少了由於能源消耗所帶來的環境污染。

微生物肥料使用量少，本身無毒無害，沒有污染環境的問題，而化學等肥料的使用則造成了嚴重的土壤環境污染。另外，化學肥料中氨態氮和磷酸類物質，由於雨水的淋洗和微生物作用，許多流失進了河流湖泊中，造成河流湖泊的營養化，氮肥以溫室效應氣體N2O的形態脫氮，使大氣中N2O濃度增加，這已成為當今農業和環境的一大問題。

微生物肥料使用改善了作物根際小生態環境。首先，它能改善由於長期施用化學肥料帶來的土壤板結，使作物根部土壤保水，其次，在作物根際形成有益菌環境，拮抗致病菌，提高作物抗病能力。

其次，微生物肥料比化學肥料在提高作物品質上有優勢

許多研究證明使用微生物肥料對於提高農產品品質，如蛋白質、糖分、維生素等的含量有一定作用。在有些情況下品質的改善比產量的提高好處更大。例如紅薯，使用KCL收干率僅為38％，而使用生物鉀肥收干率可以達到45％；在水稻上使用生物鉀肥比使用化學鉀肥出米率可提高7％。

微生物肥料比化學肥料更具效率優勢

最近10年，我國化肥總用量增加了90 7％，而糧食總產僅增加了9 1％，氮素化肥的損失率高達45％，這就意味著經濟損失1000億元/年，並造成大量的能源損失。而微生物肥料的效率要高很多。例如：根瘤菌中固定的氮素通過長期進化行形成的氮固化系統和呼吸系統途徑幾乎全部為豆料植物吸收利用，既無利用率低下又無環境污染問題。

微生物肥料在環保領域具有可行性。微生物肥料在環保中的作用利用微生物的特定功能分解發酵城市生活垃圾及農牧業廢棄物而製成微生物肥料是一條經濟可行的有效途徑。目前已應用的主要是兩種方法，一是將大量的城市生活垃圾作原料經處理由工廠直接加工成微生物有機複合肥料；二是工廠生產特製微生物肥料供應於堆肥廠，再對各種農牧業物料進行堆制，以加快其發酵過程，縮短堆肥的周期，同時還提高堆肥質量及成熟度。另外還有將微生物肥料作為土壤淨化劑使用。

提高化肥利用率的作用。隨著化肥的大量使用，其利用率不斷降低已是眾所周知的事實。這說明，僅靠大量增施化肥來提高作物產量是有限的，更何況還有污染環境等一系列的問題。為此各國科學家一直在努力探索提高化肥利用率達到平衡施肥、合理施肥以克服其弊端的途徑。微生物肥料在解決這方面問題上有獨到的作用。所以，根據我國作物種類和和土壤條件，採用微生物肥料與化肥配合施用，既能保證增產，又減少了化肥使用量，降低成本，同時還能改善土壤及作物品質，減少污染。