目前，冬蟲夏草市場良莠不齊、無序經營等隱患也須引起廣泛關注，作為名貴藥材的冬蟲夏草目前尚屬於農副產品範疇，按照傳統的模式銷售，實在有欠規範，很有必要予以規範，杜絕惡意炒作行為，否則，冬蟲夏草這一傳統的並具有一定特色的朝陽產業的可持續發展將難以為繼。
　　從近年來市場上對保健食品宣傳情況來看，推出的很多新品以冬蟲夏草為主要原料，且大肆渲染冬蟲夏草所謂的"神奇功效"以及稀有珍貴。冬蟲夏草滋補對象廣，男女老少皆宜，被人們視為無病強身、包治百病的"仙草"。消費者對冬蟲夏草保健作用認識的誤差，也加大了對產品的需求，對其價格上漲起了推波助瀾的作用。在這樣的背景下，商家熱衷於囤積冬蟲夏草，有些其他行業的商家也"改門換庭"，炒起了冬蟲夏草。
　　對於冬蟲夏草的產量，一直沒有準確的數據，業內一般使用的是交易量。多年來，冬蟲夏草的年交易量都保持在80～150噸之間，以平均價格每公斤15萬元計算，市場規模在120億元以上。從目前交易的情況來看，市場規則的約束力正逐漸減弱，每到採摘季節過去之後，一些產地再也無冬蟲夏草可收，收購商便開始囤貨。就今年而言，冬蟲夏草減產已成定局。與去年相比，藏區冬蟲夏草減產三成，而去年比前年也已減產五成，給了許多商家炒作的空間，壓貨以期獲取更高利潤。過度採挖，加上無序經營，勢必會使冬蟲夏草市場出現惡性競爭的。
　　從出口來看，雖說國家對冬蟲夏草出口長期實行《瀕危物種出口允許證》管理措施，每年都嚴格核定冬蟲夏草出口數量，以合理有效地控制出口數量。但是，由於冬蟲夏草是一種極具潛力的出口商品，非法出口現象相當嚴重。許多不法商販採用夾帶、藏匿、偽報等方式逃避"出口允許證"，將大量冬蟲夏草通過南方口岸銷往中國香港及東南亞。據業內人士保守估算，每年非法出口的冬蟲夏草高過2萬公斤，這一數字是正常冬蟲夏草出口數量的近10倍。
　　業內人士表示，這種混亂的無序經營的局面應當儘早根治，企業應該通過自身的力量規範冬蟲夏草的市場，否則後患無窮。